创·问｜Rapid Novor 马斌：专一于基于质谱的蛋白质组学，做抗体蛋白质测序技术的寰球领导者

heyeqing

优秀的企业长甚么样，胜利的牛人都有哪些特质？在他们的斗争路上，有哪些需求留意的“坑”，最首要的改动是甚么？
「创·问」 向一些优秀的华创派、投资人、业界牛人抛出问题，也但愿分享他们的设法给你。本期配角是 Rapid Novor 联结开创人、董事长、首席迷信家马斌传授。

蛋白份子是生命流动中最首要的一类份子，与DNA比拟，蛋白质与疾病的瓜葛更加亲密，包孕DNA所不具备的信息。蛋白质测序是人类了解生命流动，并对之进行调控的最首要的环节之一，关于人类的疾病钻研、药物的发现等相当首要。
虽然基因测序曾经日渐成熟，但蛋白测序还不足高通量的测序技术。与此同时，传统剖析办法依赖已有蛋白质序列数据库信息，无奈剖析全新的蛋白质或者抗体，蛋白质从头测序的需要应运而生。蛋白质从头测序指的是在没有序列库进行比对的状况下，间接对蛋白质氨基酸序列进行测定的全新测序技术。Rapid Novor，这支由蛋白质测序畛域最前沿的迷信家组建的团队，从创建之初就努力于完成间接对蛋白份子进行从头测序的技术。
深耕蛋白组学畛域钻研超过20年的马斌，拥有多年计算机迷信和生物信息学科研教训，是寰球蛋白质从头测序畛域最前沿的迷信家，曾掌管开发了蛋白组学商业软件 PEAKS studio。
2015年终，马斌率领团队研发了新一代的短肽从头测序算法 Novor，发现Novor 算法能够在包管一样精度程度的前提下，比过后市场上最佳的算法快10倍，由此催生了商业化的构想。“过来二、三十年蛋白组学的积攒，当初曾经来到正反馈的临界点左近了，全部行业都让我感到兴奋。” 2000~2014年掌管开发 PEAKS Studio 的阅历，帮忙马斌在产品开发、公司治理上积攒了更多实际的商业教训。在马斌看来，蛋白组学作为穿插学科，要想做出更惊艳的技术，需求团队集成对硬件、软件和试验办法的改造才能。“创立Rapid Novor，也是但愿可以发明这样一个团队存在的前提。”
从植物血清多抗中间接测序，是抗体发现畛域梦寐以求的技术之一。经过试验发现某只植物血清存在知足某个特殊需要的抗体，经过测序就能间接失掉对应抗体，从而帮忙迷信家间接从植物血液的抗体组中挖掘和捕捉自然功用性抗体。近几年，Rapid Novor 曾经实现了包罗兔、山羊和羊驼等多种物种的血清多抗的从头测序，为多抗从头测序流程化打下了松软根底。
目前，Rapid Novor已实现数千例蛋白测序名目，为国际外多家科研机构、制药公司、生物科技公司等客户提供蛋白质测序办事，后续将进一步规划多抗测序作为抗体发现平台的市场，以及新抗原测序。
马斌以为，与当下基因测序市场的白热化竞争比拟，蛋白组学仍旧是蓝海。像高通量 DNA 测序同样，对蛋白份子的间接高通量测序将为迷信家和产业界提供全新的才能。 “作为在这个行业的回升期就进入市场的公司之一，咱们是侥幸的。将来，咱们也会做好竞争白热化的筹备。我感觉最首要的仍是在市场中找好本人共同的领地，利用技术壁垒，在竞争白热化以前就把市场占有率做下来。而那些不克不及在某些特定领地做到当先的公司，即使外行业回升期可以存活，终究也会在竞争剧烈化的时分被淘汰。“
全文分享如下：
Q：华创资本
马斌：Rapid Novor联结开创人、董事长、首席迷信家
Q1：你在计算机迷信畛域有十多年的科研阅历，同时包罗计算机迷信与生物化学的结合。最后为什么会选择这个标的目的？起初为什么深耕蛋白质组学的生物信息处置标的目的？
马斌： 最后进入生物信息学是由于过后我的博士导师程民德学生（编者注：程民德是我国著名数学家、教育家、中国迷信院院士）感觉这个新兴畛域首要，起初在这个畛域不停碰到好的教师和标题问题，一步步就走到了当初。在2000年终开始做蛋白组学的时分，我开始也只是认为它就是另外一个发文章用的课题，起初就缓缓发现本人做的软件开始对这个学科的开展起到推进作用，这就比个别找个课题发文章更无意思了，所以就始终深耕这个畛域了。
Q2：作为寰球蛋白测序畛域最前沿的迷信家，你为什么会想到参预创建Rapid Novor？你曾掌管开发蛋白组学软件（PEAKS studio），那段阅历给创建Rapid Novor带来了哪些教训？
马斌： 蛋白组学是个穿插学科，要想做出更惊艳的技术，需求有一个团队集成对硬件、软件和试验办法同时改造的才能。在这个畛域做了得多年之后，我觉得到这类团队的不足，而现有的大学和钻研所体制对这样一支团队不足足够的鼓励。创立 Rapid Novor，也是但愿可以发明这样一个团队存在的前提。
在 Rapid Novor 创建中，我次要起了招集人的角色，同时担任一般中心技术的攻关。目前中心办理团队中初期参加的合伙人包罗CEO谢明杰（结业于加拿大西安大概大学计算机系，Ivey商学院MBA，拥有十年生物信息学相干产品商业化经营办理教训）、CTO刘启新（结业于清华大学计算机系，对计算机软件运用零碎的建立有丰硕的理论教训），以及首席策略官杨立强（结业于北京大学数学系和北卡大学统计系，在肿瘤药物方面具有18年的临床开发教训，参预了顶级生物制药公司的许多抗癌药物的临床开发、策略决策和监管审批）。Rapid Novor 研发团队初期成员根本上在生物信息学或基于质谱的蛋白质组学钻研和开发方面，得多人都有超过20年的教训。
以前我掌管开发的蛋白组学软件产品，这个产品仍是很胜利的，所以产品开发的教训积攒了得多。然而更首要的教训仍是在公司治理上学到的一些经验，这些经验，让我在开 Rapid Novor 的过程当中防止了得多弯路。守业这几年，觉得当初性情比之前更容纳了。
Q3：请用科普的言语形容下Rapid Novor在做的事件，有哪些共同的翻新？
马斌： 蛋白份子是生命流动中起最首要作用的一类份子，对蛋白份子进行测序是人类了解生命流动，并对之进行调控的最首要的环节之一。这关于人类的疾病、短命等钻研都相当首要。虽然基因测序曾经很成熟了，然而蛋白测序还不足高通量的测序技术。 Rapid Novor 就是要完成间接对蛋白份子进行测序的技术。
Q4：与基因组测序比拟，蛋白质测序的差别化意义体当初哪里？面临哪些应战？
马斌： 蛋白测序可以获取得多基因组测序不克不及获取的信息，譬如蛋白的翻译后润饰。此外得多时分，譬如关于血液中的抗体蛋白，其对应的基因不易获取，或者不克不及建设基因和蛋白的对应瓜葛，所以只能经过蛋白测序的伎俩来对其进行钻研。
想要“解码人体免疫零碎”，症结在于获得人体内蛋白质组信息，也就是体液免疫应对下血液中所包孕的整个抗体。比拟于仅能体现蛋白表白前信息的基因组，抗体蛋白组能更为精确、间接，帮忙咱们更为理解免疫零碎应对的实时形态。

目前，蛋白测序的次要应战有两个方面，一是不足一个像基因测序中的PCR技术那样，对未知蛋白进行复制的试验伎俩；二是蛋白份子的浓度静态规模太广，浓度低的蛋白份子信号被高浓度蛋白份子压抑。
Q5：近几年，AlphaFold 为微生物、蛋白质组学和药物发现提供了数字化的超强工具。你如何对待蛋白质组学近几年的变动？最使人兴奋的发现有哪些？
马斌： 蛋白构造预测（譬如AlphaFold）算是最使人兴奋的冲破了。除此以外，我集体感到最兴奋的技术仍是对未知蛋白份子进行测序。任何技术冲破都需求得多年的积攒，除了学术圈的积攒，还需求得多年来培育一个市场，让技术改造可以变为产品发明出利润来反过去推进技术改造。一旦这个正反馈造成了，技术迭代就快了。 我感觉过来二三十年的蛋白组学的积攒，当初曾经在这个正反馈的临界点左近了，所以全部行业都让我感到兴奋。
Q6：比来，AlphaFold发布了新的停顿，它曾经预测了100万个物种体内约2亿个蛋白质的构造，规模简直囊括地球上一切已知蛋白质。这对咱们的蛋白测序畛域的开展有何影响？
马斌： 这是个反动性的技术，然而 AlphaFold 的技术依然未能回答一切的问题，譬如关于不足同源序列的蛋白构造预测目前仍未被完善的解决。此外按照序列信息预测抗体抗原的结合，以及按照所需功用设计蛋白序列，都是悬而未决的问题。不论怎么样，AlphaFold 的胜利提供了一个解决这些问题的全新思绪，也吸引了少量的迷信家在相干问题上的投入，置信这些问题会一个个陆续失掉解决。从序列预测构造和功用的任何停顿都会让序列信息变得更有价值，会激起更多的蛋白测序的需要。
Q7：间接从免疫植物血清中反抗体蛋白进行从头测序的技术，近几年有哪些首要的冲破？
马斌： 抗体作为迷信钻研中最普遍使用的试剂，大少数抗体供给商都以出产多克隆抗体为主。但是，发生多抗植物每次免疫后发生的抗体都有所不同，形成多抗的批次间差别。正由于如斯，科研任务者始终被其带来的“可反复性问题”所困扰，大大妨碍了钻研停顿。因此，只管多克隆抗体在生命迷信钻研中被普遍使用，它存在的应战和缺乏是需求被注重的。
针对以上多克隆抗体存在的应战，咱们的解决计划是间接从植物血清或多抗混合物中获取次要抗体的蛋白质序列。并按照序列经过重组抗体的伎俩出产抗体。这样就完全解决了批次间差别的问题。能够不虚心地说，这几年多抗从头测序的冲破整个都是由 Rapid Novor 公司实现的。咱们曾经实现了包罗兔、山羊和羊驼等多种物种的血清多抗的从头测序。比拟来言，当初其余的钻研组最当先的也只可以实现单抗的从头测序，并且这样的钻研组也不是得多。
Q8：Rapid Novor研发的寰球独一高通量蛋白测序REmAb?平台曾经完成蛋白测序数据剖析自动化，单个测序名目的周转时间只有两周。这样效力的测序办事，关于你的客户象征着甚么？目前次要的运用场景有哪些？
马斌： 周转时间对生物行业的客户是相当首要的一个斟酌要素。对咱们客户来言，产品早一天比竞品进入市场，就在竞争中获取了先机，晚出来的竞品抢市场就很难了。斟酌周转时间的时分，需求和通量放在一同斟酌。假如打乱正常的出产流程来做一个样本，是能够做得更快。 咱们说的两周，是在放弃高通量和正常出产流程的状况下做到的，这使得咱们可以同时为多个用户提供高品质的快捷办事。
REmAb 的运用场景有得多。譬如有些客户出产单抗的杂交瘤没有了，但依然保留了极大量的单抗蛋白样本。这时候候利用咱们的测序技术获取序列，就能使用重组蛋白的技术从新出产这个抗体。
Q9：比拟B细胞测序，Rapid Novor 的 REpAb? 多抗测序有哪些劣势？
马斌： B细胞受体测序是一个很好的终点，然而B细胞和抗体蛋白在植物体内是离开的，基于B细胞的抗体发现平台虽然可以失掉少量的序列，然而无奈包管测得的序列就是血液中流通抗体的序列，也没法包管血清中一切的高浓度抗体序列都被掩盖了。而间接对血液中有功用的抗体进行蛋白测序就比如是有的放矢，一旦经过试验发现某只植物血清存在知足某个特殊需要的抗体，间接测出来就失掉了阿谁抗体。这更为间接和精确。
Q10：近期，利用 REpAb? 抗体发现平台，Rapid Novor 胜利从羊驼血清多克隆抗体中间接测序失掉 10 个不同的羊驼纳米抗体。这是多抗测序技术在抗体发现畛域的又一个世界首例。这个名目立项的初衷是甚么？在过程当中战胜了哪些技术困难？血液中多抗测序的下一个里程碑是甚么？
马斌： 从植物血清多抗中间接测序在抗体发现中是一个梦寐以求的技术，也是咱们从公司创建以来始终在致力霸占的技术。这个技术冲破最大的难点是不同抗体之间的类似性。这一方面使得对它们的别离特别难题，另外一方面普通的拼接算法很难防止把不同抗体的序列过错的组装到一同，失掉过错的序列。
羊驼血清多抗中有一种 VHH 抗体，对应着所谓的纳米抗体，在抗体药中有着很首要的位置。这次之所以选择这个物种，也是看中了纳米抗体的位置。此外，跟公司以前实现的多抗测序名目不同，这一次的抗原是一个大蛋白。大蛋白的抗原表位对比多，发生的多抗也就更繁杂。可以胜利实现这次测序，阐明咱们的测序才能又上了一个大台阶。
基于后面几回胜利的试验，咱们当初的下一个里程碑就是将多抗从头测序流程化，进步测序通量并缩短周转时间。 这样就能将多抗测序真实的用在为更多客户办事下面。此外咱们也在减少咱们实现测序的物种，大家能够继续关注，也能够猜猜咱们下一个物种是甚么。
Q十一：公司首创的 De Novo 软件和 AI 算法次要解决了蛋白质测序的哪些困难？目前有哪些中心的技术和专利规划？接上去业务开展的技术贮备有哪些？
马斌： 次要有两个：一个是进步了肽段短序列从头测序的精确性，另外一个就是对有测序过错的短序列进行拼接并纠错。
咱们次要中心技术仍是对蛋白混合物，特别是多抗蛋白的混合物进行从头测序。基于蛋白测序，咱们在骨髓瘤的巨大残留病变也开发了医疗检测产品。 此外比来公司也推出了新抗原测序的产品，关于其余疾病（譬如自免疫病和各种癌症）的相干抗体测序咱们也在研发过程当中。
Q十二：抗体测序技术的开展，反抗体药物的研发将带来怎么样的影响？目前与Rapid Novor 协作的当先企业中，有哪些翻新的协作形式？
马斌：抗体测序给抗体药物的研发提供了一个全新的发现平台。能够确定的说，这个平台能够帮着客户更快地、更有针对性地发现新抗体，有可能将抗体药物研发的周期从数年减至数月。
此外当客户曾经有一个有功用的多抗的时分，间接利用咱们的蛋白测序技术就可以把它改为单抗或者混合单抗。咱们就有客户有胜利多抗产品，然而发生抗体的植物死亡，新免疫的植物不克不及发生原先植物一样机能的抗体，形成产品断供。经过咱们的测序，就能从新复活这个产品。
Q13：2021年，Rapid Novor 在 Clinical Cancer Research 颁发了检测高发性骨髓瘤的产品 EasyM 的临床实验后果。作为无创的血检办法，EasyM 比当初临床使用的血检办法 SPEP 和 IFE 的灵活度分别进步了1000倍和200倍，无望提前半年摆布发现骨髓瘤的复发。为什么会选择切入抗体监测畛域？立项时关于病种的选择如何考量？目前 EasyM 产品商业化的停顿如何？将来有哪些病种能够拓展？
马斌： 选择这个疾病有市场和技术两方面的缘故。首先，高发性骨髓瘤是血液零碎第二位常见恶性肿瘤，高发于中老年人，起病藏匿，少数患者确诊时已经是已经中晚期。因为治愈率低，绝大少数患者会复发，灵活无效的检测办法关于医治和预后相当首要。
其次，大少数骨髓瘤患者的血液内会有一个高浓度的单抗（M蛋白）存在，能够经过咱们的测序技术进行测序。传统检测办法是经过骨髓穿刺进行的，除了灵活度低致使无奈完成初期诊断之外，穿刺带来的苦楚较大，无奈进行频繁检测。 Rapid Novor 的抗体蛋白测序技术是无创的办法，能够准确地测试出每个病人抗体蛋白的个体化残缺序列，经过后续的检测继续监测病人体内 M 蛋白的含量，为复发监测提供了切实依据。目前咱们曾经实现产品定型和验证，正在请求LDT（Lab Developed Test）的许可，置信在不久的未来就能开始临床检测。

EasyM高发性骨髓瘤检测剖析技术计划
在过后骨髓瘤检测名目立项的时分，咱们的测序技术刚刚够得着从血液中把这个高浓度单抗测出来，所以选项其实不多。 当初咱们的测序技术更为成熟，所以也在着眼其余的疾病，譬如自免疫病和其余的肿瘤。
Q14：Rapid Novor目前商业化支出的业务和产品是甚么？次要的客户来自于哪些行业？下一步的商业化拓展指标是？
马斌： 目前的次要支出仍是给客户蛋白测序的科研办事。次要客户来源包罗药厂和生物科技公司，也有不少大学和钻研所客户。下一步在科研办事畛域，咱们对比看好多抗测序作为抗体发现平台的市场，此外新抗原测序也是咱们在推的一个首要产品。
Q15：与基因测序比拟，蛋白质测序目前虽属于小众，但其市场前景和运用却不成无视。近些年来，不少守业公司涌现其中。如何对待市场的竞争？
马斌： 蛋白组学是一个大蓝海，远远没有饱和，市场竞争的剧烈水平跟基因测序比拟，基本不值一提，还能够包容得多有真正技术的公司。 作为在这个行业的回升期就进入市场的公司之一，咱们是侥幸的。然而对若干年后的将来，咱们也要做好竞争白热化的筹备。
我感觉最首要的仍是在市场中找好本人共同的领地，利用技术壁垒，在竞争白热化以前就把市场占有率做下来。而那些不克不及在某些特定领地做到当先的公司，即使外行业回升期可以存活，终究也会在竞争剧烈化的时分被淘汰。
Q16：守业的成绩感来自哪里？瞻望将来2~3年，你但愿 Rapid Novor 成为一家怎么样的公司？
马斌： 成绩感来自于一个个指标的不停完成。糊口中得多成绩感都来自于设定指标并完成指标。守业的共同魅力在于指标个别更有社会心义，更富裕应战性，而且是一个个人的独特指标。而商业既有根本逻辑可循，但环境又充溢了不肯定性。把这几种要素混到一同，就把完成指标的成绩感缩小了。
从科研和学术转换到商业，我集体对比关注的危险是科研出身的开创人在商业上有可能会有盲区，看不到盲区中的时机和风险。此外有时分会低估从一个科研效果到商业产品转化的难度。

将来2~3年，但愿 Rapid Novor 放弃当初的守业精力，有高市场占有率的产品、过硬的技术和继续的技术研发才能，可以让客户满意，让员工们感觉英雄有用武之地。固然，体量要比当初大。

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