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微生物：细菌和真菌
从来人们将菌类作为动动物的安康大敌，他们确实是多种疾病的本源。然而近来人们也愈来愈了介它们种的许多有踊跃作用。它们踊跃参预合成死亡了的动动物，从而最初实现该动物营养的循环的最初一环，包管生态零碎安康可继续开展。另外下面咱们还提到的包罗细菌和真菌在内的微生物和动物的互惠瓜葛，以及有固氮作用的根瘤菌的踊跃意义。
无益的细菌叫做益生菌，它们在减速死亡了动物，特别是木本动物，的合成直至腐00熟，反抗无害细菌有着踊跃的作用。故在堆肥等流动中被踊跃激励，同时在反抗有细菌惹起的疾病（如用牛奶中的益生菌来治愈动物叶子上泛起的白粉病）是简便且卓有成效办法。益生菌在日本和韩国的天然农法中失掉充沛应用。
真菌的踊跃意义，特别是跟着真菌在公开衔接成网络，为树木之间提供的营养迁徙，特别是磷，提供通道分面，在近来被关注。在土壤中，这类被称为土壤与土壤生物和动物之间的互惠的外菌根作用与土壤中的无机物含量，土壤是不是被压实以及PH（不成呈太酸性）无关。和益生菌同样，它们被用于堆肥中来合成木质资料，经过接种等办法来应答因为无害真菌而惹起的动物病害或长势不良。在堆肥中参加蘑菇剩余物可能起到两重作用。在盛行的食品林的设计中，无益真菌的无意顺手推舟也愈来愈被注重。
商业出产的液态肥料中有愈来愈多的无益细菌（和真菌）参加。除了提供某些营养外，次要是利用它们来增进动物的根系发育，减少抗病抗环境（如抗热抗旱）的才能。海藻提取物中含有少量无益菌体，还可能有增进成长的激素。
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