仅16个小时！深圳疾控新冠溯源团队如何与病毒赛跑？

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自1月7日深圳报告2例新冠肺炎确诊病例以来，截至13日17时，深圳累计报告12例确诊病例和2名无症状感染者。
从拿到核酸阳性样本到确定基因测序结果，深圳疾控新冠溯源团队仅用16小时，查清了本起疫情病例1、2感染的新冠病毒型别，较之前足足提前了8小时。
在这16个小时里，深圳疾控新冠溯源团队做了哪些准备？起作用的关键技术是什么？13日，深圳卫视&壹深圳客户端记者来到深圳疾控中心进行了探访。
“第一时间拼接病毒基因序列
一秒都不敢耽误”
在深圳疾控中心的新冠病毒实验室，工作人员正在做样本前处理，这也是整个病毒检测中非常重要的一环，全市的阳性样本都会在这里进行最终确认。


深圳市疾病预防控制中心病源所副所长、新冠病毒溯源团队负责人何雅青表示，自团队拿到“0107”疫情的第一个核酸阳性样本开始，他们已经连轴转了好几个夜晚。
她回忆道，1月6日晚10点，接到此次疫情第一个核酸可疑阳性样本后，她立刻通知团队成员，做好回单位做新冠病毒全基因组序列测定的准备。


基因测序需要经过样本前处理、文库构建、测序反应、生物信息学分析等步骤，其中，文库构建包括RNA反转录、扩增等。
团队里的朱灿身兼核酸检测和病毒溯源组的工作，7日凌晨4点，核酸检测工作结束后，朱灿又连忙开始了做基因测序的文库构建的第一步，进行RNA反转录。


7日早上八点多，官方公布深圳报告2例新冠确诊病例，随即网上开始出现各种猜测，有人说是奥密克戎，有人说是德尔塔。为了尽快出结果及时辟谣，组员拿着原始数据后，第一时间开始拼接病毒基因序列。“一秒钟都不敢耽误。” 何雅青说。
当天晚上8点，基因测序结果出炉，显示此次疫情病例1和病例2感染的新冠病毒为德尔塔变异株，两者的同源性为100%。23点12分，官方通报：深圳2例确诊病例基因测序结果为德尔塔变异株。


何雅青介绍，本次疫情首先确定了它的病原是德尔塔变异株。第二步就进行了病毒的溯源，最终的结论就是排除了和其他省份疫情的关联性，它是一个新的德尔塔的一个进化分支。这对之后制定相应的防控政策起到了一定作用。
技术保驾护航，提高基因测序效率
记者来到测序室，里边的一台机器正在对病毒进行测序反应。工作人员介绍，本次新冠病毒全基因组序列测定使用的是高通量测序技术，也称二代测序技术。


通过病毒基因序列的比对，团队可以推断疫情传播的源头是否是同一来源，这对疫情的研判起到至关重要的作用。
据了解，测序时间是根据不同样本的量来决定的，像这样的机器在测序室共有三台，极大地提高了整个流程的效率。


何雅青表示，基因测序流程一环扣一环，团队丝毫不敢松懈。这也是他们第三次遇到突发新冠病毒本土病例的“考试”。“我们一直都在马不停蹄地做，一旦出现新的病例立即开始进行检测。无论什么时候，大家都处于备战状态，样本什么时候来，就什么时候进行测序。”
基因测序时长从一开始的27小时到24小时，再到这次的16小时，新冠溯源团队为政府决策以及流调人员排查潜在感染者争取了宝贵的8小时，也为深圳打赢疫情阻击战增加了更多胜算。


24小时“营业”
深圳这26个点可“通宵”做核酸！
目前，深圳多地核酸检测工作正有序推进，并最新公布了26个通宵核酸检测点，具体医疗卫生机构名单（医院类）见下图??


记者 / 王贝妮 张少强
视觉设计 / 马塬凯